Medine’nin bilinen en eski adı Yesrib olup bu adın, buraya ilk yerleşen kişi olduğu rivayet edilen Yesrib b. Vâil b. Kâyine b. Mehlâbil’in isminden geldiği bilinmektedir. “Zarar vermek, karıştırmak, kötülemek, başa kakmak, bozmak” gibi anlamlara gelen, serb kökünden türeyen Yesrib kelimesi, Kur’an’da Medine’nin adı olarak bir yerde geçmektedir.
Mekke ile birlikte iki Harem’den (Haremeyn) biri olan Medine, hicret yurdu olması ve halkının herhangi bir zorlama olmaksızın İslâmiyet’i benimsemesinden dolayı “Kur’an’la fethedilmiş” kabul edilir. Hicretten sonra Resûl-i Ekrem, “Hz. İbrâhim Mekke’yi harem yaptığı gibi ben de Medine’yi harem yaptım” sözleriyle şehri harem ilân etmiştir. Medine vesikasında kayıt altına alınan bu hüküm, Hendek Gazvesi ile Hayber seferinde elde edilen başarı üzerine bütün Arap kabileleri tarafından kabul edilmiştir.
Medine’ye ilk yerleşmenin ne zaman başladığı hakkında kesin bilgi yoktur. Tarih sahnesine çıkışından itibaren Medine’ye yerleşen üç topluluktan (Amâlika, yahudiler ve Evs-Hazrec) bahsedilir.
İlk Akabe buluşmasından hicrete uzanan sürecin başlaması İslâm tarihinde büyük bir öneme sahiptir. Bu dönemde Evs ve Hazrecliler aralarındaki düşmanlığı kaldıracak birleştirici bir lidere ihtiyaç duyuyorlardı. Bu arada bir peygamber çıkacağını yahudilerden duymuş olmaları onlarda yeni din konusunda fikrî bir zemin oluşturmuştu. Mekke’de güçlü bir destek bulamayan Hz. Peygamber, Tâif’e giderek yeni bir çevrede davasını anlatmayı denediyse de aynı olumsuz tavırla karşılaşmış, buna mukabil Akabe’de tanıştığı bazı Medine (Yesrib) sakinlerinin İslâmiyet’e girmesi üzerine şehir halkının çoğunluğunu meydana getiren Hazrec ve Evs kabileleri arasında Müslümanlık süratle yayılmaya başlamıştı. İkinci Akabe Biatı’nda Medineli müslümanların, Resûl-i Ekrem’i ve Mekkeli müslümanları şehirlerine davet ederek her türlü tehlike ve sıkıntıda onları ve arkadaşlarını koruyacaklarına dair ant içip söz vermelerinin ardından (622) Medine hicrete uygun bir yer haline geldi. İslâmiyet’in çevreye kolayca yayılmasını sağlayacak merkezî bir konumda ve savunmaya elverişli coğrafî bir yapıda olması siyasî ortamın uygunluğu, ayrıca kervan yollarının üzerinde bulunması Medine’nin hicret yurdu olarak seçilmesini kolaylaştırdı. Hz. Peygamber’in hicrete izin vermesiyle sahâbîler Mekke’den Medine’ye göç etmeye başladılar. Ashabın büyük çoğunluğu Medine’ye gittikten sonra Resûl-i Ekrem de oraya hicret etti. İslâm ve dünya tarihinde bir dönüm noktası teşkil eden ve önemli sonuçlar doğuran hicret Mekke’nin fethine kadar sürdü. Yesrib’e hicretin ardından göçün ortaya çıkardığı ilk problemler çözüldü ve Resûlullah’ın etrafında şehirdeki bütün unsurların katıldığı bir beraberlik oluşturuldu. Hicretten sonra Medine’de bazı iç düzenlemeler yapıldı. İlk olarak şehri dışarıdan gelecek tehditlere karşı güvence altına almak ve gayri müslim unsurlarla Kureyş’in iş birliğini engellemek üzere Hz. Peygamber’in nihaî söz sahibi kabul edildiği, Medine toplumunun bütün unsurlarının katıldığı siyasî birliğin temelini atan Medine vesikası kaleme alındı. Resûl-i Ekrem’in hicretten sonra hazırladığı bir anayasa niteliği taşıyan bu ilk metinde Evs ve Hazrec kabilelerinin kolları ve onların yahudi müttefikleri hakkında ayrıntılı bilgi vardır. Kabileyi esas alan üyelik anlayışı ve dar otorite kalıpları yerine yeni bir siyasî üyelik tanımı getirmiş olan Medine vesikasının yazılmasının ardından ensarla muhacirler arasında kardeşlik bağı (muâhât) kuruldu. Evs ve Hazrec kabileleri, eski düşmanlıklarını unutarak kendilerine verilen ensar unvanına uygun biçimde yaşamaya devam ettiler. Yahudiler Evs ve Hazrec kabilelerinin oluşturduğu ittifakı bozmaya çalıştılarsa da başarılı olamadılar.
Medine hicret esnasında tam anlamıyla şehirleşmemiş, tarıma dayalı bir ekonomik yapıya sahipti. Bundan dolayı kentleşme teşvik edilmiş ve şehrin İslâmlaşması ile medenîleşmesi arasında paralellik kurulmak istenmiştir. Bu bağlamda idare ve savunma, ekonomi ve pazar, dinî hayat gibi medenî hayatın en önemli üç fonksiyonu sırasıyla düzenlendi; şehir planı Mescid-i Nebevî merkez olmak üzere geliştirildi ve bazı yapılar korundu. Gerçekleştirilen yeni yerleşme düzeninde mahallelerin sayısı artarken bazı kenar semtler de şehrin bir parçası haline getirildi. Fetihlerle birlikte gelirlerin artması üzerine geniş ve güzel evler, konak tarzı yapılar inşa edilmeye başlandı. Emevîler döneminde Akīk vadisi, yapılan köşklerle Medine şehrinin en mûtena semtlerinden biri haline geldi. Mescid-i Nebevî, bir ibadethâne işlevinin yanında daha sonraki devirlerde ortaya çıkacak olan birçok sosyal kurumu bünyesinde barındıran ve külliye adı verilen geleneğin de çekirdeğini teşkil etti.
Hicretten sonra Medine ile Mekke arasındaki mücadelenin ilk safhasını Mekke’nin ekonomik baskı altına alınması oluşturur. Mekkeliler, müslümanların tehdidi altındaki kervan yollarının emniyetini yeniden sağlamak ve Medine’yi ele geçirmek amacıyla harekete geçtiler. Medine-Mekke arasındaki ilk büyük savaş olan Bedir Gazvesi’nde düşmanlarını mağlûp eden Medineliler, Arabistan içerisinde itibarlı bir konumda bulunan Mekke müşriklerine ilk darbeyi vurmuş oldular. Bedir Gazvesi’nden sonra Mekke müşrikleri bir yandan Medine’ye yürümek için hazırlık yaparken öte yandan kervanları için alternatif yollar bulmaya çalışıyorlardı. Uhud Gazvesi Kureyşliler’e bu anlamda yeni bir ümit oldu. Fakat savaş meydanında kazandıkları başarıyı siyasî üstünlükle pekiştiremediklerinden Medine bir tehdit unsuru olmaya devam etti. Uhud Gazvesi’nde kazanılan başarının ancak Medine’nin ortadan kaldırılmasıyla devamlılık kazanacağını düşünen Mekkeliler Medine’ye öldürücü darbeyi vurmak için yeni bir seferin hazırlıklarına başladılar. Bütün güçlerini toplayarak giriştikleri ve Medine’nin içeriden savunulduğu Hendek Gazvesi, Mekkeliler açısından olumlu sonuç vermediği gibi itibarlarını da sarstı. Medine’ye karşı bu son hamleleri de başarısızlığa uğrayan Mekkeliler geri çekilip taarruz konumundan savunma konumuna geçmek zorunda kaldılar. Müslümanların kazandıkları psikolojik üstünlük ve Medine’de oluşturulan birliktelik, Arap yarımadasında İslâm’ın yayılması açısından daha elverişli imkânlar ortaya çıkardı. Bu arada Medine vesikasının hükümlerine uymayan yahudi kabilelerinden Benî Kaynukā‘ Zilkade 2’de, Benî Nadîr Rebîülevvel 4’te Medine’den sürüldü. Hendek Gazvesi’nde müslümanlara ihanet eden Benî Kurayza kabilesi de cezalandırıldı ve şehirde hiçbir yahudi kabilesi kalmadı. Bu noktadan hareket eden Hz. Peygamber, Mekke ile Medine arasındaki husumeti ortadan kaldırmak ve Kâbe’nin müslümanlar tarafından benimsendiğini göstermek istiyordu. Bu amaçla çıkılan umre yolculuğu sırasında Hudeybiye Antlaşması imzalanarak bir barış ortamı oluşturuldu. Antlaşmanın daha sonra Kureyş tarafından bozulması Mekke’nin fethedilmesi sürecini başlattı. Resûl-i Ekrem Mekke’nin fethinden sonra muhacirlerle birlikte Medine’ye döndü ve ensara karşı vefa duygusuyla hareket edip kurduğu devletin başşehri yaptığı Medine’de yaşamayı tercih etti. Medine Hz. Ebû Bekir, Ömer ve Osman dönemlerinde çok geniş bir alanda gerçekleştirilen fetihlerin sevk ve idare edildiği, çeşitli idarî ve sosyal düzenlemelerin yapıldığı hilâfet merkezi olarak önemini korudu. Hz. Osman’ın Medine’de kuşatılarak katledilmesi, buradaki siyasî otoriteye karşı dışarıdan yapılan ilk müdahale olduğu gibi bu olay aynı zamanda Medine’nin insanların zihnindeki kutsiyetinin çiğnenmesi anlamına da geliyordu. Hz. Ali’ye biat bu hususta söz sahibi Medineliler’in çoğunluğunun katılımıyla gerçekleşti. Hz. Ali halife olunca gelişen olayları Medine’den çözmeyi denedi. Bir sonuç alamayınca Medine halkının ve yakın çevresinin bütün çabalarına rağmen şehirden ayrıldı. Başta ensar olmak üzere Hz. Ali’nin bu kararına muhalefet edenler Medine’nin tekrar hilâfet merkezi olamayacağı endişesini taşıyorlardı. Hz. Ali’nin buradan hangi amaçla çıktığı, ilk olarak nereye gittiği ve hilâfet merkezini nakletmek isteyip istemediği hususları açık değildir. Bazı kaynaklarda Medine’nin Hz. Hasan’ın hilâfeti Muâviye’ye bıraktığı yıla kadar başşehir kabul edilmiş olması, en azından başlangıçta Hz. Ali’nin Medine’yi fitneyi bastırmak amacıyla terkettiği ve daha sonra geri döneceği şeklinde yorumlanmıştır. Temelde siyasî olan bu kararın alınmasında dinî, içtimaî ve iktisadî faktörlerin rol oynadığı görülmektedir. Hz. Ali halife seçildiğinde İslâm dünyasında siyasî ağırlığın Hicaz’dan Suriye ve Irak’a kaymakta olduğu ve iki bölge arasında üstünlük mücadelesine dönüştüğü dikkati çekmektedir.
Hz. Ali’yi halife olarak tanımayıp isyan eden Muâviye, Hicaz’a bir kuvvet gönderdi. Medine’ye gelen Büsr halka zulmederek Muâviye için zorla biat aldı. Hz. Ali’nin şehid edilmesi ve Hz. Hasan’ın hilâfeti Muâviye’ye bırakıp Medine’ye yerleşmesiyle Emevî hânedanı iktidarı ele geçirdi. Emevîler’in hilâfet merkezini Dımaşk’a nakletmeleri Medine’nin siyasî üstünlüğünü zayıflattı. Ancak Asr-ı saâdet’in güzel hâtıralarını ve Hz. Peygamber’in mescid ve kabrini bünyesinde barındırması Medine’nin dinî ve kültürel merkez olarak önemini sürdürmesi için yeterliydi.
İlk Abbâsî halifesi Ebü’l-Abbas es-Seffâh’a biat edilmesinden sonra Haremeyn valisi olan Dâvûd b. Ali, Mekke’de başladığı Emevî ailesi ve taraftarlarını cezalandırma işini Medine’de tamamladı. Siyasî merkez özelliğini kaybetmesinin ardından merkezî otoriteye karşı oluşan muhalif hareketlerin odağı haline gelen Medine, Abbâsîler döneminde de Hz. Ali’nin soyundan gelenlerin öncülüğünde Abbâsî iktidarına muhalif olanlara merkezlik yaptı.
Abbâsî halifelerinin İslâm dünyasında siyasî etkinliklerinin azalması ve “hâdimü’l-Haremeyn” unvanını kullanan Memlük Sultanı I. Baybars’ın Moğol istilâsıyla ortadan kaldırılan Bağdat Abbâsî hilâfetini Mısır’da yeniden kurmasının ardından Medine Memlükler’e bağlandı. Haremeyn’e hizmet konusunda zaman zaman Osmanlılar’la rekabete ve mücadeleye girişen Memlükler’in Medine hâkimiyeti Yavuz Sultan Selim’in Mısır seferine kadar sürdü.
Mekke ve Medine başta olmak üzere İslâm’ın kutsal bölgelerine yönelik Osmanlı ilgisinin başlangıcı Yavuz Sultan Selim’den daha önceye gider. Fâtih Sultan Mehmed’in hac yolu hizmeti konusunda Memlükler’le baş gösteren ihtilâfı bu ilginin ilk dikkat çekici yansımasıdır. Mısır’ın fethinden sonra huzura gelen Mekke heyetini Yavuz Sultan Selim’in çeşitli hediyelerle ve Şerîf Berekât’ı Mekke Emirliği’ne tayin ettiği menşurla birlikte Mekke’ye göndermesi üzerine Medine Osmanlı hâkimiyetine girmiş ve o tarihten itibaren hutbeler Osmanlı padişahları adına okunmuştur.
Osmanlı Devleti, Tanzimat’tan itibaren Haremeyn’de merkezî hükümetin etkinliğini arttıran birtakım tedbirler aldı. Tedrîcî fakat istikrarlı bir şekilde Hicaz demiryolunun Medine’ye ulaştırılması ve telgraf hattı çekilmesi gibi pratik sonuçları da görülen bu çalışmalar başlangıçta ayrılıkçı ve milliyetçi hareketler yerine merkezî idareye entegrasyonu hızlandırdıysa da sonraki dönemde bazı ayrıcalık ve özerkliklerini yitiren Medine eşrafı arasında huzursuzluğa sebep oldu. Medine, Arabistan’ın çeşitli kesimlerinde meydana gelen olaylar karşısında Osmanlı Devleti’nin güneydeki ileri karakolu haline getirildi. Güç ve itibarlarını korumak isteyen eşrafın bir kısmı Medine muhafızı Ali Paşa’nın koyduğu bir vergiyi bahane ederek ayaklandı (1903). Ali Paşa görevden alındı; Yemen ve Şam’dan gönderilen takviye birlikleriyle bastırılabilen olayların sonunda eşraftan kırk iki, şehirde görevli zâbitlerden kırk kişi tutuklanarak Tâif Kalesi’ne hapsedildi. Medine’de törenlerle kutlanan II. Meşrutiyet’in ilânının ardından hız verilen merkeziyetçi politikalar, muhalefeti kırmak yerine daha da güçlendirerek yerli halk ile merkezden gönderilen idareciler arasındaki mücadelenin artmasına yol açtı. Hicaz’da çok düzensiz olarak gerçekleşen 1908 seçimlerinde Medine’den Seyyid Abdülkādir mebus seçildi. Medine’nin idarî statüsüyle ilgili kararlardan sonra şehrin kendi denetiminden çıkmasından rahatsızlık duyan Mekke Emîri Şerîf Hüseyin demiryolunun Mekke’ye kadar uzatılacağını, böylece hareket alanının daha da kısıtlanacağını düşünerek Medine-Mekke arasındaki bedevîleri ayaklandırdı. Bunun üzerine hükümet Medine’ye kuvvet gönderip savunma tedbiri aldı. Şerîf Hüseyin’in arzusuna uygun olarak demiryolunun uzatılmasından vazgeçen Bâbıâli, Medine’de hecin develi bir süvari birliği teşkiline karar verdi.
Medine’de 1885’te rüşdiye ve 1909’da idâdî açıldı. Yine aynı yıl eğitime başlayan erkek öğretmen okulu ise dört yıl sonra öğrenci azlığı sebebiyle kapandı. 1912’de üniversite için harekete geçildi ve ertesi yıl Arap ve Türk aydınlarının kurduğu Cem‘iyyet-i Hayriyye-i İslâmiyye’nin gayretiyle fen ve ilâhiyat konularının okutulduğu Medrese-i Külliyye-i İslâmiyye kuruldu.
Medine Suûdî hâkimiyetine girdiği 5 Aralık 1925 tarihinden itibaren bu aileden bir emîr tarafından yönetilmektedir. Medine’nin eşrafından oluşturulan ve daha çok belediye başkanıyla çalışan şehir meclisinin geniş yetkileri vardır. Medine Belediyesi 2 Temmuz 1978’de birinci dereceye yükseltilerek Emânetü’l-Medîneti’l-Münevvere adını almıştır. Ayrıca Kral Fehd b. Abdülazîz, başşehir Riyad’da Medine’nin idarî ve içtimaî işleriyle ilgilenen, başbakanlığa bağlı özel bir kurul oluşturmuştur.